公司注冊完成后，不是說簡簡單單的就額可以掙到錢，公司的整體運營中，不僅僅需要注意對公司內部員工的管理，還需要注意對公司的一些經經營事項把握，否則不僅可能會存在一些稅務上的風險，還可能會影響到公司的整體運營，那么對于公司注冊后，在運營中，哪些問題會影響到公司呢？一起來和君林小編看看。

一、私戶發放工資

有的企業朋友以為通過現金支付，或者個人私戶對公司的員工去支付工資，可以避免企業的員工繳納個人所得稅，同時也避開稅務部門的監督。其實這種方法是錯誤的，現在銀行與稅局的數據庫進行了鏈接，也就是說不管你用什么賬戶，最終都會很輕松被查出來的，如果情節嚴重是肯定會有處罰的。

二、發票扣除異常

企業的正常抵稅項目，主要就是通過納稅是的稅前抵扣，也就導致了許多的企業主開始通過虛報自身的營業費用，但是如果長期，或者過多的購買這類發票，在稅局的大數據稽查下，是非常容易讓企業的問題暴露的，最終受到嚴厲的處罰。

三、個人補貼不申報

許多企業有意無意地獨立計算給予雇員的補貼，如膳食補貼、電話費補貼、房間補貼和其他補貼，而不是將其并入工資，以免被納入個人稅收的范圍。然而這種操作是明確規定需要納入的，到時就很可能導致企業受到處罰。

四、公司逾期記賬報稅

公司逾期做賬報稅或者逾期交稅等，這種情況是最嚴重的也是最大幾率發生的稅務異常的一種方式，自然稅局也會鎖死公司的電子稅務局，只能去稅局的辦公地進行報稅，解除了異常才能再行使用。

公司的經營并不簡單，特別是現如今，稅務部門的大數據的稽查下，再加上金稅三期的上線。不僅企業各個方面會有所監視，還會對企業的上下游企業、關聯企業有所統計，只要企業關系鏈中，某家企業出現問題， 整個關系鏈都可能會被稽查。